Durante el período colonial se intentaron algunas incursiones de españoles por Nicaragua, las cuales fracasaron por lo difícil de acceder y lejanía, así como la ferocidad de los indígenas que habitaban, por lo cual a partir de esos fracasos se perdió total interés en ingresar a dichas llanuras por parte de los españoles. No sería hasta finales del Siglo XIX que empezaron a arribar pobladores de lugares como Rivas y San Carlos de Nicaragua, que buscaban el árbol de caucho que abundaba en la zona para extraer el producto y comerciarlo en su país hasta que empezaron a establecerse en medio de la selva virgen, muy cerca de los ríos que les permitían vender y comprar productos hacia su país a través del lago de Nicaragua; luego fundaron algunos pequeñísimos pueblos en los albores del 1900. Así después iniciaron la explotación de las maderas existentes, y luego de establecerse fijamente empezaron a cultivar productos agrícolas para su consumo. Tiempo después hubo una segunda fase de migración, también desde Nicaragua a las faldas de la Cordillera Volcánica de Guanacaste, pero en mucha menor escala. Luego introdujeron el cultivo del cacao que se extendió por casi toda la zona baja, que llegó a constituir la actividad principal durante años hasta que la peste conocida como monilia que consiste en un hongo hizo estragos con la gran mayoría de sembradíos.
Los primeros pobladores costarricenses, llegaron provenientes de los cantones guanacastecos de Cañas y Bagaces, hacia la segunda década del siglo pasado quienes en su empeño por encontrar nuevas tierras para sus actividades agrícolas se aventuraron montaña adentro por los senderos que usaron los aborígenes en sus travesías a través de las selvas vírgenes de la Cordillera Volcánica de Guanacaste, en las faldas de los Volcanes Tenorio y Miravalles. Al principio se establecieron en las partes altas, fundando los poblados que hoy son las cabeceras de distrito: San Isidro de Aguas Claras y Bijagua; y así paulatinamente fueron llegando a las llanuras encontrándose como consecuencia con la otra población que era de origen nicaragüense y así unificando las poblaciones.
Ya para 1911 la creciente población del lugar solicita el cambio de nombre al Poder Ejecutivo el cual mediante el acuerdo No. 289, cambia el nombre de Zapote de Guatuso por el de Upala. El 18 de octubre de 1915 por medio del decreto ejecutivo No. 20, de la división territorial administrativa, la población de Upala se estableció como parte del octavo distrito del cantón de Grecia, aunque nunca tuvo cercanía ni territorial, ni económica, ni social con éste.
En 1920 se establece la primera escuela ubicada en la cabecera, cuando el presidente del país era don Francisco Aguilar Barquero, actualmente la escuela es la principal del sector y lleva el nombre de escuela líder Teodoro Picado Michalski. El colegio Técnico Profesional Agropecuario de Upala, se inauguró en 1972, en la segunda administración de don José Figueres Ferrer.
En la división territorial administrativa de la República, hecha el 28 de junio de 1957, mediante un decreto ejecutivo, el distrito noveno del citado cantón fue el barrio Upala y sus poblados.
En el arzobispado de monseñor Carlos Humberto Rodríguez Quirós, cuarto arzobispo de Costa Rica, en el año 1962 se crea la parroquia dedicada a San Juan de Dios. Actualmente Upala es una de las cinco vicarías foráneas que componen la diócesis de Tilarán-Liberia, de la provincia eclesiástica de Costa Rica (Upala es el único territorio no guanacasteco que es dirigida por el obispado de Guanacaste: Tilarán en el ámbito eclesial al declinar de pertenecer a la diócesis de Ciudad Quesada a la que pertenecen sus vecinos Guatuso y Los Chiles)
Es bajo el gobierno don José Joaquín Trejos, que por medio de resolución de la Asamblea Legislativa que aprobó la Ley No. 4541 el 17 de marzo de 1970, se crea oficialmente el cantón de Upala y se le otorga el título de Villa, pero para ese entonces no se habían establecido los distritos y sus respectivos límites. Luego una nueva ley, la Ley No. 4574 promulgada el 4 de mayo de 1970, establece el Código Municipal, que le confirió la categoría de ciudad a Upala, por ser cabecera de cantón, así nacía el cantón treceavo de la extensa provincia de Alajuela.
Ya una vez aprobado el Código Municipal, el 9 de agosto de 1970 se llevó a cabo la primera sesión del Concejo de Upala, integrado por los regidores propietarios, Oswaldo Ramos Badilla, presidente; Tito José Somarribas Larios, vicepresidente, y Vinicio Rojas Salazar, vocal. El ejecutivo municipal fue don Adolfo Rodríguez Solís, y la secretaria municipal señorita Concepción Figueroa Oreamuno. En ese entonces no se contaba con mobiliario ni equipo, la señorita Concepción Figueroa quien fuera secretaria prestó su máquina de escribir y una calculadora, las cuales al día de hoy se conservan como recuerdo.
El primer acueducto del cantón se inauguró en 1976 en el gobierno de Daniel Oduber Quirós. El alumbrado eléctrico se instaló en noviembre de 1978, en la administración de Rodrigo Carazo Odio.
